01
А
Астрономия
02
Б
Биология
03
Г
Гуманитарные науки
04
М
Математика и CS
05
Мд
Медицина
06
Нз
Науки о Земле
07
С
Сельское хозяйство
08
Т
Технические науки
09
Ф
Физика
10
Х
Химия и науки о материалах
Химия и науки о материалах
4 октября
Отсеять, застеклить и заморозить: за что присудили Нобелевку по химии 2017 года

Обзор нобелевской премии по химии от Indicator.Ru

Лауреаты Нобелевской премии по химии 2017 года (слева направо) Жак Дюбоше, Иоахим Франк и Ричард Хендерсон
Wiley Foundation, Columbia University, MRC Laboratory of Molecular Biology, Indicator.Ru

Что примечательного в новой Нобелевской премии по химии, зачем вокруг биомолекул замораживать воду и как компьютеры превращают 2D-изображения в 3D, читайте в материале Indicator.Ru о работе нобелевских лауреатов 2017 года Жака Дюбоше, Иоахима Франка и Ричарда Хендерсона.

Структуры молекул, полученные в последние годы, впечатляют. Здесь и целый «шприц» сальмонеллы, которым она атакует клетки, и белки, которые обеспечивают бактериям устойчивость к антибиотикам, и красивейшие структуры у основания жгутиков, и удивительно красивые ферменты. От фундаментальных биологических знаний о работе биомолекул в клетке до понимания того, как ведут себя молекулы медицинских препаратов, — все это мы можем получить благодаря методу криоэлектронной микроскопии, за развитие которого присудили Нобелевскую премию по химии в 2017 году.

Но что это за метод и почему без него нельзя было добиться тех же результатов? Ведь к тому времени существовала и рентгеновская кристаллография, и просто электронная микроскопия.

Эти методы накладывали на исследователей несколько важных ограничений, за преодоление которых, или, если быть точнее, «за развитие методов криоэлектронной микроскопии для определения структуры биомолекул в растворах с большим разрешением», и была сегодня присуждена престижная награда.

Получат ее в этом году трое ученых, стоявших у истоков этой технологии: француз Жак Дюбоше, который работает в Университете Лозанны, рожденный в Германии Иоахим Франк из Университета Колумбии в Нью-Йорке и шотландец Ричард Хендерсон из лаборатории молекулярной биологии в Кембридже (к слову, это, кажется, уже пятнадцатый лауреат из этой лаборатории).

34c4a8a01e288c4e19e21a2297626abb72378b54
Слева направо: Жак Дюбоше, Иоахим Франк и Ричард Хендерсон
Denis Balibouse/Reuters, Columbia University, MRC Laboratory of Molecular Biology

Когда Эрнст Руска изобрел и продемонстрировал электронный микроскоп, с помощью которого можно увидеть позиции отдельных атомов (за что Руска получил свою «Нобелевку» в 1986-м), другой ученый, Ладислав Мартон, написал статью о том, что новым методом трудно изучать биологический материал, ведь биомолекулы и клетки разрушаются под действием потока электронов. Этот поток должен был быть очень слабым, чтобы не повредить образцы, но такой слабый поток давал плохое разрешение. Для электронной микроскопии образец должен был быть тонким и плоским, что тоже усложняло задачу — приходилось достраивать 3D-модели изучаемых молекул (например, белков) из двухмерной проекции.

Естественно, об изучении живых клеток не могло быть и речи, а ведь в разрушенном состоянии они выглядят совсем не так, как во время работы. К тому же электронному микроскопу нужен был вакуум, а в нем испарялась вся вода, которая помогала биомолекулам поддерживать их естественную форму. Все это было сложно и неудобно. До тех пор, пока не появилась криоэлектронная микроскопия.

E837e9287b912dff2e643d73dbb1900a9d0f170a
Изменения в изображении биомолекул, связанные с работами нобелевских лауреатов 2017 года
Johan Jarnestad/The Royal Swedish Academy of Sciences

Ричард Хендерсон работал с белками в Кембридже, используя рентгеновскую кристаллографию — метод, с помощью которого Розалинд Франклин получила знаменитые изображения, на основе которых Уотсон и Крик построили модель двойной спирали ДНК. Все было хорошо, пока Хендерсон не занялся мембранными белками, находящимися в оболочке клетки. «Вынутые» из своей естественной среды, они превращались в бесполезную запутанную кучу атомов. Один из них Хендерсон не смог выделить в достаточном количестве, другой не удавалось кристаллизовать.

Все изменилось, когда Хендерсон взялся за светочувствительный белок бактериородопсин. Ученый решил не вытаскивать его из мембраны, а поместил целый кусок мембраны под электронный микроскоп вместе с ним. Чтобы структура не разрушилась, ее покрыли раствором глюкозы. Чтобы не повредить образец мощным потоком электронов, ученые пустили более слабый луч. Изображение, как и ожидалось, вышло не очень четким и контрастным, но тут они применили тот же математический метод, что и при рентгеновской кристаллографии, это позволила сама структура белков, которые располагались в мембране ориентированными в одном и том же направлении. Картинки, полученные с разных углов зрения, показали, что белок извивается, семь раз проходя сквозь мембрану (теперь такие белки известны под названием семиспиральных рецепторов). Это было изображение лучшего качества, когда-либо полученного с помощью электронного микроскопа.

Разрешение в семь ангстрем впечатлило многих, но Хендерсон не желал останавливаться: ему хотелось достичь такого же разрешения, как и при рентгеновской кристаллографии, в три ангстрема. Со временем линзы стали лучше, появились технологии заморозки, позволяющие сохранить образец в жидком азоте. Для получения более четкого изображения бактериородопсина Хендерсон ездил по разным лабораториям, используя лучшие электронные микроскопы в мире. У всех их были те же недостатки, но они дополняли друг друга. И только в 1990 году, спустя 15 лет с получения первой, неказистой на современный взгляд картинки, Хендерсон достиг своей цели. Он показал, что криоэлектронная микроскопия может быть полезна для изучения биомолекул, однако его бактериородопсин был упорядочен и был практически зафиксирован в мембране клетки. Очень мало других белков могут похвастаться тем же, поэтому биологи посчитали, что это все же очень ограниченный метод.

В это самое время по другую сторону Атлантики, в Нью-Йорке, Иоахим Франк уже давно работал над решением этой проблемы. Уже в 1975 году он придумал теоретический подход, но на реализацию его ушло много лет. Его идеей было создать компьютер, который может отличать случайно расположенные белки от хаотичного «заднего плана». Он придумал математический метод, позволяющий компьютеру находить разные повторяющиеся последовательности в изображении. Компьютер сортировал паттерны, объединяя похожие, чтобы получить усредненное, но более резкое изображение. Франк опубликовал несколько работ с двухмерными моделями белков высокого разрешения с разных углов зрения. Алгоритмы были готовы к 1981 году.

Следующим шагом стало создание алгоритма, который находит похожие 2D-картинки и сам собирает их в 3D-структуры. В середине восьмидесятых Франк опубликовал эту часть метода и взялся за грандиозное дело — построение модели поверхности рибосомы, гигантской молекулярной машины для сборки белка в клетке.

3deb184252215ac92008dd2386b41414152c2d82
Метод анализа 3D-структур, разработанный Иоахимом Франком: 1. Пучок электронов ударяет в случайно ориентированные белки, вследствие чего на изображении остается их отпечаток. 2. Благодаря методам обработки нечеткой информации компьютер группирует получившиеся похожие друг на друга изображения в группы. 3. При помощи получившихся тысяч изображений компьютер составляет 2D-изображение с высоким разрешением. 4. Компьютер анализирует, как 2D-изображения соотносятся друг с другом в пространстве, и создает 3D-изображение с высоким разрешением.
Johan Jarnestad/The Royal Swedish Academy of Sciences

Еще чуть раньше, в 1978 году, другой ученый, Жак Дюбоше, занялся решением третьей части этой проблемы электронного микроскопа. Как мы помним, биомолекулы очень страдали, превращаясь в бесформенную массу, если испарялась вода вокруг них, а в вакуумной камере электронного микроскопа она обязательно испарялась. Простая заморозка не давала результатов: кристаллики льда, расширяясь по сравнению с водой, могли разорвать изучаемый белок и разрушить его структуру. Если Хендерсону повезло с бактериородопсином, то другие ученые мучались с немембранными белками, растворимыми в воде.

Дюбоше придумал сверхбыстрый способ заморозки с помощью жидкого азота: вода как бы «остекленевала», и поток электронов отлично отражался от нее и давал хорошее изображение. Это позволило отлично подготовить биологический материал к работе, что Дюбоше и доказал, опубликовав несколько структур вирусов, полученных этим способом, в 1984 году.

48935c117facaf5f17041478b010ba2b70a57f4e
Метод Дюбоше: 1. Металлическое сито, на которое попадает образец, отсеивает лишний материал. 2. Сито помещают в этан с температурой порядка –196°С, в результате чего образец образует тонкую пленку поперек отверстий в сите. 3. Вода превращается в стеклоподобное вещество и окружает образец, затем охлаждается благодаря жидкому азоту во время наблюдений под электронным микроскопом.
Johan Jarnestad/The Royal Swedish Academy of Sciences

С этого момента исследователи начали обращаться к Дюбоше, чтобы научиться его методу. Франк также встретился с ним для того, чтобы получить структуры поверхности рибосомы. Сочетание методов Дюбоше, Франка и Хендерсона легло в основу криоэлектронной микроскопии.

Собственно говоря, именно необходимость получения структуры «живой» рибосомы «двигала» желание поскорее освоить метод: рибосома — одна из основных мишеней действия антибиотиков, для которых очень важно пространственное совмещение с полостями рибосом. И сейчас большинство комплексов потенциальных антимикробных препаратов с рибосомами «смотрит» именно методами криоэлектронной микроскопии.

Метод стал настолько важен, что в мире проводится немало крупных конференций, посвященных именно методу CryoEM, как сокращенно называют его в англоязычной литературе. В 2017 году первая подобная конференция прошла в МГУ.

Решение Нобелевского комитета специально для Indicator.Ru прокомментировал кандидат физико-математических наук, руководитель отделения молекулярной и радиационной биофизики Петербургского института ядерной физики имени Б.П. Константинова Андрей Коневега, научная группа которого в своей работе часто использует методы CryoEM:

«Криоэлектронная микроскопия совершила революцию в структурной биологии, поскольку именно этот метод позволяет делать визуализацию макромолекул с высоким разрешением, причем сейчас уже с таким разрешением, как рентгеновская кристаллография, но при этом без необходимости превращать белки в кристалл. То есть все биомолекулы во время исследования находятся в своем естественном состоянии. За последнее десятилетие в этом методе произошел качественный скачок в качестве получаемых структур, в разрешении. Это стало возможным благодаря технологическому прогрессу: новые микроскопы, новые камеры, новые методы обработки. Что важно, у биологов появились достаточно мощные вычислительные комплексы для того, чтобы обработка занимала дни, а не месяцы и не годы. Мы сами в России обладаем такими центрами обработки данных в НИЦ "Курчатовский институт" в Москве и в НИЦ "Курчатовский институт"-ПИЯФ в Гатчине, поэтому мы активно пользуемся ими для обработки своих данных».

О премии:

За 117 лет было вручено 109 премий по химии (как и в других дисциплинах, были годы, когда премия не присуждалась из-за войны или когда Нобелевский комитет не пришел к согласию). Самую первую премию в 1901 году получил Якоб Хендрик Вант-Гофф. За все время в Стокгольме были объявлены имена 178 лауреатов. Правда, премию получили всего 177 человек: Фредерик Зангер стал единственным человеком в истории, получившим награду дважды.

Средний возраст лауреатов премии (без учета премии 2017 года) — 58 лет. Самым молодым был Фредерик Жолио-Кюри, получивший премию в 1935 году в возрасте 35 лет, самым пожилым — Джон Фенн: нобелиату 2002 года было 85 лет. Кстати, премия не очень легко «поддается» женщинам: за 117 лет — всего четыре лауреата, причем половина из них из одной семьи. В 1911 году премию получила Мария Кюри, в 1935 — ее дочь Ирен. Еще половина — за ту самую рентгеновскую кристаллографию, с которой конкурирует криоэлектронная микроскопия. В 1964 году премией наградили Дороти Кроуфут Ходжкин за рентгеноструктурный анализ биомолекул, а в 2009 году лауреатом стала Ада Йонат, применившая эту методику для установления структуры рибосомы.

Подписывайтесь на Indicator.Ru в соцсетях: Facebook, ВКонтакте, Twitter, Telegram, Одноклассники.

Комментарии

Все комментарии
САМОЕ ЧИТАЕМОЕ
Обсуждаемое