01 декабря 2021, 14:56
9 мин.

Омикрон: новые шипы короны

Омикрон: новые шипы короны
С конца прошлой недели не утихают новости про новый вариант SARS-CoV-2 — штамм омикрон. В этом материале мы разберемся, что о нем уже известно, насколько опасным считают его ученые, какое значение имеют его мутации, поменяются ли меры безопасности, а также будут ли диагностические тесты, лекарства и вакцины эффективны в борьбе с новым штаммом.

С чего все началось

Доктор Анжелика Кутзе, терапевт с 33-летним стажем и глава Южноафриканской медицинской ассоциации рассказала, что с начала месяца в больницу в Претории, где она работает, обратилось около дюжины человек с сильной, не прекращающейся усталостью. В основном это были молодые (20-39 лет) мужчины без хронических болезней. Среди пострадавших оказался и шестилетний ребенок с необычно высокой частотой пульса. «Их симптомы были очень разными. Случаи казались легкими по сравнению с теми, кого я лечила раньше», — отметила Кутзе. Больных не объединяла ни общая этническая группа, ни уровень дохода, ни район проживание. Несмотря на то, что у них не было нарушено обоняние, большинство из них получили положительный результат ПЦР-теста на коронавирус. Около 65% пациентов не были привиты.

Впервые омикрон-штамм (он же вариант B.1.1.529) обнаружили в Ботсване 11 ноября. Эти данные наконец пролили свет на странные случаи в ЮАР и других странах, где он к тому моменту уже циркулировал. У всех пациентов Кутзе постепенно наступило улучшение, однако она продолжает беспокоиться о пожилых людях с хроническими болезнями, более уязвимых к тяжелым формам COVID-19. Только 6% пациентов с омикрон-штаммом в ЮАР оказались старше 65 лет. Но это еще не означает, что старики не болеют: например, есть вероятность, что у них эта версия вируса проявляется не сразу.

С прошлой недели количество инфицированных новым штаммом коронавируса возросло с 550 до 4000 ежедневно. Это не только вызвало закрытие границ и ограничения авиасообщения (особенно со странами Африки), но и привело к крупнейшему обвалу показателей Промышленного индекса Доу Джонса за 2021 год. Цены на нефть разных марок упали на 10-11% процентов.

Новый штамм оказался носителем десятков мутаций, от 26 до 32 из которых меняют строение S-белка. Вирусолог Пенни Мур из Университета Витвотерсранда в Йоханнесбурге рассказала, что исследования ведутся «со световыми скоростями». «Многие известные нам мутации могут стать проблемой, но еще больше выглядят так, как будто нужны для избегания иммунной реакции», — отмечает она. В ближайшие недели Мур и ее коллеги надеются понять, как изменения последовательности вируса помогают ему спасаться от иммунных Т-клеток.

На что влияют новые мутации?

Всего у нового штамма около полусотни мутаций, и 34 из них влияют на белки шипов «короны», при помощи которых вирус «берет на абордаж» человеческие клетки. Франсуа Балло, директор Института генетики Университетского колледжа Лондона, предположил, что такой штамм мог возникнуть в организме человека, иммунная система которого ослаблена (вероятно, из-за ВИЧ/СПИД, который не лечили должным образом). В этих условиях COVID-19 мог перейти в хроническую форму, из-за чего вирус долго пробыл в организме больного и успел накопить так много мутаций.

Эксперт Всемирной организации здравоохранения Мария ван Керкхове пока призывает не принимать обсуждения нового вируса за сигнал тревоги. По ее словам, запланированная в пятницу встреча по поводу «омикрона» — просто стандартная процедура. Однако штамм уже получил статус «варианта, вызывающего наибольшую обеспокоенность» (Variant of Concern, или VOC). Чтобы получить такой статус, он должен соответствовать определению «варианта, вызывающего интерес» (Variant of Interest, или VOI), то есть, иметь генетические изменения, которые предположительно или точно влияют на передачу, избегание иммунитета, тяжесть болезни или не поддаются диагностики или терапии, а также заразить много людей в разных сообществах, угрожая всему миру. В дополнению к этому, VOC угрожает сильно изменить эпидемиологическую ситуацию, либо отличается по вирулентности, клинической картине или хуже поддается диагностике и лечению, чем существующие штаммы. Вирусолог Имперского колледжа Лондона Том Пикок уже назвал мутационный профиль белка «по-настоящему ужасным». Но делать выводы еще рано: в мире отсеквенировали (прочитали полностью) лишь около сотни последовательностей геномов омикрон-штамма.

Чем могут быть опасны эти изменения? Тесты, которыми выявляют инфекцию, могут быть менее точными, ведь они нацелены на определенные фрагменты шипов «короны», и узнавать белки мутировавшего варианта им сложнее. В часто используемом в тестах (и вакцинах) S-белке пропали аминокислоты с позиций 69-70. Идеальным вариантом стало бы чтение полного генома вируса в каждом образце, но это слишком дорого и требует специального оборудования. Хотя, как показали многочисленные подтвержденные случаи, определить вирус стандартными способами все же возможно. К примеру, разновидность тестов TaqPath определяет коронавирус сразу по трем белкам, и если по S-белку результат получается отрицательным (как бывает и у некоторых разновидностей альфа-штамма), по двум остальным произойдет совпадение, и тест следует считать положительным.

Пока что главные вопросы касаются того, насколько эффективно передается новый вариант, хорошо ли защищают от него новые вакцины (и какие риски они снижают), а также протекает ли болезнь легче или тяжелее у тех, кто заражен омикрон-штаммом. Мутировавший вариант может хуже распознаваться антителами, таким образом ускользая от иммунитета. Согласно препринту (предварительная версия научной статьи до редактуры и публикации в журнале) на medRxiv, такие мутации и умение скрываться от иммунных клеток могут быть причиной того, что вирус очень эффективно и быстро заражает новых людей. Базовое репродуктивное число, которым характеризуется умение инфицировать новых пациентов, для такого вируса может достигать 6, тогда как для других штаммов оно ближе к 4. Столько людей в среднем заражает один больной.

Но исследования еще ведутся, так что по запросу «SARS-CoV-2 Omicron variant» база медицинских статей PubMed не выдает научных публикаций — только одну редколонку Nature. «Пока что мы многого не понимаем об этом варианте. Мутационный профиль беспокоит нас, но нужно завершить работу, чтобы понять значение этих мутаций, в том числе для борьбы с пандемией», — такой комментарий изданию дает Ричард Лесселс из Университета Квазулу-Наталь (Дурбан, ЮАР). «Омикрон» не победоносно врывается в нетронутую популяцию, а присоединяется к целому списку других штаммов SARS-CoV-2, названных в честь букв греческого алфавита. Пока мы не знаем, будет ли он успешно конкурировать с ними. У исследователей из ЮАР уже есть опыт быстрого изучения новых штаммов — и настало время применить его снова.

Что рекомендует ВОЗ?

Обычным людям – ничего нового. Физическое дистанцирование с расстоянием (от 1 метра между людьми), маска, проветривание помещений, избегание больших скоплений людей, мытье рук, кашель или чихание в локоть и вакцинация – эти давно выученные наизусть меры сохраняют актуальность. Властям же, по советам Всемирной организации здравоохранения, стоит мониторить и сообщать скорость распространения болезни, новые случаи, процент людей с новым штаммом среди остальных больных, а также отслеживать нагрузку на больницы, чтобы реанимация и палаты не оказались переполненными.

Предварительные данные указывают на то, что мутировавший «омикрон» легче обходит иммунитет к другим формам коронавируса у вакцинированных и переболевших, чем предыдущие штаммы. Пока это предположение базируется на ограниченной информации, которая обновится в ближайшие недели, когда подоспеют новые данные. Однако вакцинация все еще способна защитить хотя бы часть инфицированных от тяжелого течения заболевания и смерти.

«Сообщения о быстром распространении и вспышках заболеваемости в больницах и сообществах могут привлечь внимание к проблеме», – говорится в техническом брифе ВОЗ. Так люди смогут понять, что этот вариант может быстрее передаваться других, и усилить меры осторожности. Сообщения о заболевших среди групп населения, которые должны были иметь устойчивость, позволят нам узнать, действительно ли «омикрон» ускользает от наших иммунных клеток. Информация о высокой смертности и летальности покажет, насколько часто и при каких условиях «омикрон» приводит к тяжелым формам течения болезни.

ВОЗ призывает страны делиться знаниями о генетических последовательностях мутировавшего варианта, которые были найдены у пациентов, на платформе GISAID, а также рассказывать о течении болезни и характеристиках зараженных с помощью WHO COVID-19 Clinical Data Platform. Также организация рекомендует странам отслеживать распространение болезни, фиксировать все случаи контактов и продолжать исследования.

Появится ли «омикрон» в России?

В России пока не найдено следов новой инфекции, но далеко не каждый зараженный получает официальный диагноз (особенно в легких случаях). К тому же, мизерная доля людей с подтвержденным диагнозом получает расшифровку генома своего вируса. Наши соотечественники постоянно путешествуют, в том числе и в некоторые из стран, где известны случаи заражения. Возможно, в Россию новый штамм уже попал, но говорить с уверенностью об этом нельзя.

Пока наша страна ограничила въезд для иностранных граждан из ЮАР, Ботсваны, Лесото, Намибии, Зимбабве, Мозамбика, Мадагаскара, Эсватини и Танзании. Но кроме этих стран, штамм омикрон обнаружен в Испании, Австрии, Японии, на острове Реюньон (заморская территория Франции), в Австралии, Бельгии, Канаде, Чехии, Дании, Германии, в Гонконге, Израиле, Италии, Нидерландах, Португалии, Швеции и Великобритании.

Стоит ли его бояться? Пока омикрон-вариант мало изучен, но медики предполагают, что он будет менее опасным, чем предыдущие. «В Японии недавно была получена интересная информация известным ученым, профессором Национального института генетики Итуро Иноуэ. Он исследовал последовательность разновидностей коронавируса на фазе падения эпидемии. Когда она шла вниз, штаммы, которые он исследовал, давали гораздо больше мутаций, чем при подъеме. Это говорит о том, что генетическая нестабильность может нарастать в процессе эпидемии, и это сработает против вируса. Это значит, что вирус начинает хуже размножаться, ему больше не нужно сохранять свойство вызывать тяжелое заболевание. Он становится более слабым и мягким, но может хорошо выживать. Такого сценария исключить нельзя. Мне представляется, что это довольно вероятный исход», — предполагает главный научный сотрудник НИЦ имени Гамалеи Анатолий Альтштейн.

Тем не менее, многих беспокоит скрытность нового варианта. О том, быстрее ли омикрон передается, нам еще предстоит узнать. «Если он будет более заразным или устойчивым и будет размножаться, то вероятность появления его в России есть, но пока мы не обнаружили его в стране, хотя исследований геномов проводится достаточно много», – сообщает руководитель научной группы разработки новых методов диагностики заболеваний человека ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора Камиль Хафизов.

Помогут ли вакцины?

Этот вопрос остается для ученых самым острым. По сообщением Мур, в ЮАР обнаруживались зараженные даже среди привитых, причем всеми доступными в стране видами вакцин (Johnson & Johnson, Pfizer–BioNTech и Oxford–AstraZeneca). Всемирная организация здравоохранения пока изучает эффективность прививок против нового варианта, но уверяет, что уже существующие вакцины все же снижают риск тяжелых случаев и смерти. Это касается и других циркулирующих штаммов, среди которых сейчас лидирует «дельта». Как сообщает Пенни Мур, пока «омикрон» среди вакцинированных и переболевших в ЮАР находили слишком мало, чтобы собрать достоверную статистику.

Продолжая гонку вооружений между вирусом и человеком, российские ученые в Центре им. Гамалеи уже начали создавать обновленные вакцины. "Основываясь на существующих протоколах немедленной разработки версий вакцин для вызывающих озабоченность штаммов, уже приступил к разработке новой версии вакцины "Спутник", адаптированной к "омикрону", — сообщил Российский фонд прямых инвестиций. – Несколько сотен миллионов бустеров "Спутника" против "омикрона" могут быть выведены на международный рынок уже к 20 февраля 2022 года, а в 2022 году могут быть доступны более трех миллиардов доз». Сотрудники РФПИ считают, что новая версия вакцины вполне может не понадобиться, но если она все-таки будет нужна, она будет готова к массовому производству через 45 дней.

По данным ВОЗ, кортикостероиды и блокаторы интерлейкиновых рецепторов IL-6, которые сейчас применяются для борьбы с тяжелыми проявлениями болезни, сохранят эффективность и против нового штамма. Насколько действенны против мутировавшего коронавируса будут другие лекарства, тоже еще предстоит проверить.