Белковый комплекс способен раскручивать нуклеосому без энергозатрат
Одна из возможных моделей раскручивания нуклеосом белковым комплексом FACT.
© Снежана Мажекенова/ИБХ РАН
Группа исследователей из ИБХ РАН и МГУ совместно с Университетом Юты при помощи метода FRET-микроскопии впервые показала способность нуклеосом обратимо раскручиваться под воздействием FAСT без затрат энергии. Результаты работы опубликованы в журнале Nature Structural & Molecular Biology.
Как известно, молекула ДНК компактно свернута в ядрах клеток. Правильность укладки генома обеспечивают специальные белки, которые вместе с ДНК формируют структуру под названием хроматин. Единицей компактизации хроматина является нуклеосома. Нуклеосому часто сравнивают с «катушкой ниток», в которой ДНК-«нитка» намотана на бочонок из белков-гистонов — «катушку». Плотная упаковка хроматина в ядре нарушается при транскрипции, когда идет активное считывание наследственной информации с ДНК. Облегчить транскрипцию хроматина помогает консервативный белок FACT, который стал объектом пристального внимания ученых. Взаимодействие FACT с нуклеосомой было показано ранее, но впервые удалось выяснить важные детали этого процесса.
Исследователи изучили взаимодействие белкового фактора FACT с нуклеосомой методом spFRET-микроскопии.
«В результате начатой еще в 2010 году плодотворной работы удалось с нуля разработать метод spFRET и применить его для исследования нуклеосом, — объясняет кандидат биологических наук, научный сотрудник Отдела биоинженерии ИБХ РАН Ксения Кудряшова. — Его основу составляет микроскопия единичных молекул. В соседние витки нуклеосомной ДНК вводятся флуоресцентные метки, одна из которых служит донором энергии, а другая — акцептором. Донора можно возбудить с помощью лазера определенной длины волны. Если донор находится близко к акцептору, то происходит переброс энергии на акцептор. Чем ближе расположены метки, тем ярче сигнал от акцептора. Таким образом можно следить за расстоянием между соседними витками ДНК и оценивать, насколько нуклеосома компактно свернута». Это разработка, как считает Кудряшова, позволяет изучать структурные перестройки в нуклеосомных комплексах с разрешением в несколько нанометров, причем информация собирается от каждой молекулы индивидуально.
С использованием этого метода в работе впервые показали способность нуклеосом обратимо раскручиваться под воздействием FACT in vitro без затрат энергии, что достаточно необычно. Ведь АТФ-зависимые комплексы ремоделирования для перестройки хроматина тратят много энергии.
При образовании комплекса «нуклеосома — FACT» нити ДНК практически полностью распрямляются, но остаются связанными с белками-гистонами. Если убрать FACT из комплекса, то все возвращается на круги своя: нуклеосомная ДНК снова наматывается на основание из гистонов. Таким образом, FACT — это редкий пример АТФ-независимого (без естественных источников энергии) комплекса ремоделирования хроматина.
По мнению Марии Валиевой, первого автора статьи из МГУ, в клетке способность FACT обратимо менять структуру хроматина, возможно, помогает активировать определенные гены путем перестройки соответствующих участков ДНК. Однако ничего более конкретного о подобных процессах сказать нельзя, так как вопрос еще недостаточно изучен. Автор отмечает, что изучение этого белкового комплекса важно не только с научной, но и медицинской точки зрения. В дальнейшем полученные данные помогут понять, какую роль этот белковый комплекс играет в активно делящихся клетках в опухолевых тканях.