«Постоянно надо что-то доказывать»: интервью российского биолога

В научном журнале BMC Genomics недавно была опубликована статья, одним из авторов которой стал Дмитрий Травин, студент факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ имени М.В. Ломоносова. В составе международной команды, исследовавшей транскриптом обыкновенного карпа, Дмитрий занимался программным обеспечением и визуализацией полученных данных. В интервью Indicator.Ru молодой биотехнолог рассказал о многообещающем начале своей научной карьеры.

— Расскажите, пожалуйста, немного подробнее, какая задача стояла перед вами в этом исследовании?

— Одной из проблем представления больших массивов данных, которые часто возникают как результат крупномасштабных биологических исследований (целого генома/протеома/транскриптома/метаболома), является их визуализация. Очень часто не хочется вчитываться в таблицы со значениями экспрессии белков в различных органах и тканях, а хочется бросить взгляд на одну картинку и понять общий тренд. Для этого нами была разработана небольшая программа, которая позволяет визуализировать уровень экспрессии белков/РНК на понятной (даже несколько «мультяшной») картинке, изображающей модельный организм. Сейчас доступны карп, рыба-зебра и мышь, программа дорабатывается.

Статья, посвященная геному карпа, была первым испытанием нашей программы. Мне кажется, что иллюстрации получились весьма наглядными: на каждой из картинок показана экспрессия одного белка в различных тканях карпа в виде градиента. Видно, что, например, на картинке с гамма-кристалином наиболее ярко раскрашен глаз, а с химотрипсиногеном — печень и тонкий кишечник, что, в общем-то, логично. Увидев набор таких картинок, человек, на наш взгляд, гораздо лучше усвоит информацию, нежели если она будет приведена в виде таблицы или обычного текста. Программа генерирует картинки автоматически, кроме того, она способна к препроцессингу данных, вводимых пользователем. Эта стадия необходима для приведения в соответствие того набора тканей, которые задает пользователь, и тех, которые программа может отрисовывать. Для этого используется такой тип данных как онтология — словарь всех терминов (например, названий тканей), где приводятся отношения между ними (что является частью чего и т.д.).

— Чем вы занимаетесь, если говорить в общем?

— Лаборатория молекулярной генетики микроорганизмов в Институте биологии гена РАН (заведующий — Константин Северинов), где я работаю, занимается в числе прочего исследованием природных продуктов — это вещества, которые выделяются микроорганизмами и используются ими для конкуренции и борьбы друг с другом. Такие вещества могут быть интересны в качестве перспективы для разработки новых антибиотиков, поиска новых структур, новых ингибиторов ферментов.

— Почему вас заинтересовали именно биотехнологии?

— Это давняя история. Еще в школе я интересовался биологией, скорее естествознанием, биоразнообразием в том числе. До сих пор моим хобби является bird watching (прим. «наблюдение за птицами»), то есть я путешествую по миру и смотрю птиц. Я делаю много фотографий, увлекаюсь фотоанималистикой. Это для меня, для души. Приезжаешь в новую страну, а там новые птицы, новые места, новые люди. На сегодня видел примерно 500 видов птиц, но это не так много, конечно.

Дальше я стал заниматься молекулярной биологией, участвовал три года подряд, с 9 по 11 класс, во Всероссийской олимпиаде по биологии, в Международной, потом поступил в МГУ.

— В каких еще научных проектах вы успели поучаствовать за время учебы?

— Помимо работы в лаборатории я еще участвую в биоинформатических проектах. Я уже два года по месяцу работаю в Голландии, в Лейденском университетском медицинском центре. Мы разрабатываем программное обеспечение для визуализации геномных, транскриптомных и протеомных данных.

— Как вы оказались в Голландии?

— Все началось с летней практики по биоинформатике для 12 лучших студентов нашего факультета. Мы поработали с голландцами на практике, а потом они отдельно пригласили меня и моего однокурсника. Этим летом мы работали уже с ними лично.

— Насколько я знаю, вы были одним из двух российских студентов, приглашенных фармацевтической компанией Novartis в международный лагерь по биотехнологиям BioCamp. Поделитесь, пожалуйста, впечатлениями от участия.

— Конечно, мне очень понравилось, в первую очередь потому что собралась большая компания со всего мира. Народ был очень общительный и открытый. Буквально в первый день, когда я только вышел из лифта, ко мне тут же подошли другие участники и начали спрашивать: «Кто ты? Откуда?». Сейчас понимаю, что все три дня я просто говорил с людьми из самых разных стран. По-английски я давно столько не говорил. Так себя чувствуешь на каких-то больших конференциях, когда встречаются люди, которым интересно познакомиться друг с другом, узнать друг друга. У нас была очень хорошая команда, я считаю, ребята собрались сильные. Была одна девочка — аспирантка из Кембриджа, что говорит само за себя. Она была лидером нашей команды и в итоге получила один из трех персональных призов. Все было очень душевно и открыто.

В плане учебной программы. Фарматехнологии немного не моя тема, но все равно это было ново: и про клинические испытания, и про права, и про менеджмент, и про тайм-менеджмент. Это просто в целом полезно, как строить свои исследования и как организовывать свое время. Я даже нашел несколько людей, которые занимаются сходными темами. Например, познакомился с коллегой с Филиппин, он занимается природными продуктами из морских бактерий — мне это очень близко. Мы с ним поговорили, пообщались.

— Что вы можете сказать о своих коллегах из других стран? Какой у них уровень подготовки?

Надо сказать, что люди собрались очень разные, с совершенно разным бэкграундом. Наверно, на это и было рассчитано, специально так сделано. Например, в одной команде был человек с бизнес-бэкграундом, IT-менеджер, практикующий врач, биологи, биотехнологи, фармакологи… В этом плане очень интересно наблюдать за тем, как выглядит работа разных специалистов: не только твоя, узкая, тема, но и более широкая.

— Как в BioCamp была организована учебная программа?

— Скорее, все проходило в формате talks (прим. «беседы») — выступления человека на какую-то тему, после которого зал задает вопросы. Очень важно, что всегда можно было персонально задать возникшие личные вопросы. Мы просто подходили к человеку на ланче или в коридоре и беседовали в неформальной обстановке. Это было очень полезно.

— Какие мысли появились после общения?

— Общаясь с людьми, я отметил, что они за свою жизнь много раз меняли место учебы или работы. Например, «в Германии я получил бакалавра, магистра — в Сан-Франциско, потом уехал в Японию на PhD — и вот я здесь», условно говоря. Поэтому у них гораздо больше опыта в международном общении, и в этом отношении, конечно, Россия явно отстает. Я тоже хочу сделать PhD за границей, тоже сменить место. Но интересно, что, например, сколько людей я ни спрашивал (я общался почти со всеми с глазу на глаз), так и не нашел ни одного человека, который побывал в России хотя бы раз. Это, на мой взгляд, показательно вполне в плане изоляционистской политики.

— Почему так хочется получить степень за границей?

— Когда принимают на работу, всегда смотрят, где получено PhD. Даже среди европейских стран совершенно различные требования к получению степени, к количеству опубликованных статей. Например, в Германии и Голландии совершенно разные цифры. Соответственно, если ты получал PhD в престижном месте, там, где это сделать сложно и где люди, которые были в комиссии, могут ручаться за тебя, то это всегда очень сильно котируется при приеме на работу. В этом отношении нашу традиционную степень кандидата наук в некоторых страх не то что бы не признают… Нам всегда говорят, что кандидат наук то же самое, что PhD, но я, честно, не совсем склонен этому доверять. Наша система несколько изолирована и не интегрирована в мировую. Постоянно надо что-то доказывать. Например, нашим врачам очень сложно в этом отношении.

— Расскажите, пожалуйста, о проекте, который надо было представить на BioCamp.

— Для всех групп он был единый, но все выдвигали собственные решения: это было сделано для того, чтобы можно было объективно судить. На самом деле, мое образование не совсем то, что могло быть применимо. В этом году BioCamp шел под эгидой digital health (прим. «цифровая медицина»), то есть цифровые технологии в приложении к медицине, к public health (прим. «общественное здоровье и здравоохранение») и так далее. Нам было предложено разработать некий девайс или программное обеспечение (тут было большое поле для фантазии), которые бы помогли врачам более точно диагностировать и следить за симптомами развития таких нейродегенеративных болезней, как рассеянный склероз и болезнь Паркинсона. Нынешние методики хоть и стандартизированы, но хочется, чтобы данные о пациенте приходили постоянно. Может, это будут какие-то сенсоры, чтобы были более точные, потому что тот же склероз двигается наплывами. Можно прийти к врачу совершенно здоровым человеком, он тебе ничего не скажет, а через некоторое время случится приступ.

Все идеи сводились к некоему приложению для смартфона, которое будет взаимодействовать, например, с датчиками на теле. При Паркинсоне развивается тремор, можно это фиксировать. Датчики могут быть встроены в очки, потому что подергивание глаз можно отмечать. Было много таких идей, вплоть до технологий, связанных с микродатчиками в сосудах по детекции уровня дофамина.

Это был такой типичный бизнес-кейс — проект, для которого больше нужен бюджет, план, нежели научное исследование. Мне, как ученому, было немного сложно, потому что задание было, скорее, для людей из менеджмента. В Базеле у Novartis тоже есть исследовательские лаборатории, но основные находится в Кембридже, а в Швейцарии — топ-менеджмент, стратегическое планирование и патентование.

— В последнее время, действительно, хотят все больше подружить науку и бизнес.

— Несмотря на то, что большинство собравшихся были, скорее, учеными, в задании в первую очередь требовалась разработка бизнес-стратегии. Технические детали в формате десятиминутной презентации больше умалчиваются, потому что, на самом деле, никто с такими технологиями не имел дело никогда. Опыт по разработке физических устройств, например датчиков, у всех, конечно, отсутствует. Все что-то говорили, но относительно голословно. Организаторам важнее было понять, как люди способны проявить себя в команде в процессе разработки чего-то. Понятно, что решить за два дня техническую задачу на высоком уровне не по силам.

— Как вы считаете, не пора ли на всех факультетах, где занимаются фундаментальными исследованиями, ввести курсы по бизнес-планированию?

— Например, на нашем факультете уже есть курс инновационного бизнеса — он у меня будет сейчас, в этом семестре. Более того, в МГУ есть такой проект — межфакультетские курсы (МФК): каждый факультет выдвигает курсы, а студенты других факультетов выбирают по интересам. Соответственно, есть большое число интересных МФК по бизнесу.

— В конце BioCamp обычно отмечают лучшие научные группы и лучших участников. Почему, на ваш взгляд, не получилось победить в личном зачете?

— Наша группа заняла призовое, второе, место. Мы работали, на мой взгляд, очень хорошо, но всегда есть объективно более сильные участники. Про личное первенство: как мне кажется, было без шансов, в том числе, например, и из-за языка. Я не являюсь этническим британцем и не могу на презентациях и просто при обсуждении чего-то в своей группе говорить так, как аспиранты Кембриджа. У меня неплохой английский, но все равно это разные категории, по сравнению с тем, когда ты живешь в Англии, учишься в Англии и приезжаешь, имея некоторый опыт, собственные исследования. На 60 человек призовых мест было три, то есть выигрывал каждый двадцатый. Их получили, на мой взгляд, вполне заслуженно самые яркие люди.

— Какие у вас теперь планы на ближайшее будущее?

— Я понял, что я должен посещать гораздо больше таких мероприятий. Я стараюсь ездить на конференции, в основном, правда, в России, больше никуда пока не получается. Это настолько полезно в плане понимания того, как все развивается, чем занимаются люди по всему миру, что в тренде… Это ценно в плане общения, даже в первую очередь в плане общения. И просто интересно посещать новые места, новые города.

А сейчас у меня еще два курса здесь, потому что программа специалитета не предусматривает деления на бакалавриат и магистратуру. С одной стороны, это хорошо, конечно, потому что курсы не прерываются, есть возможность работать шесть лет без проблем и перерывов. А с другой, когда есть магистратура, есть возможность куда-то уехать. В этом аспекте несколько двойственное отношение к существующему учебному плану.