Обнаружены потайные белки кишечной палочки
© Steve Gschmeissner/Science Photo Library/Wikimedia Commons/Indicator.Ru
Американская исследовательская группа разработала относительно простой метод обнаружения альтернативных рамок считывания информации, закодированной геномом Escherichia coli. Методика и результаты исследования опубликованы в журнале Molecular Cell.
Рибосомный профилинг — это прием молекулярной биологии, заключающийся в прочтении последовательностей мРНК (молекула-посредник, которая передает информацию с ДНК на сайты синтеза белка), связывающихся с рибосомами (молекулярные машины, осуществляющие синтез протеинов). Если «затормозить» рибосому на старте и прочитать связанную мРНК, то можно зафиксировать участки начала синтеза, а значит, обнаружить последовательности, кодирующие белки.
Для остановки рибопротеиновых комплексов ученые применяли известный антибиотик ретапамулин. Связываясь с большой субъединицей комплекса, молекула останавливает процесс как раз на этапе старта.
«Сперва мы изучили механизм действия антибиотика, а затем применили эти знания для определения сигналов старта, которые клетка использует для регуляции синтеза белка, — поясняет один из авторов Александр Манкин, профессор медицинской химии и фармакогнозии Университета Иллинойса. — В прошлом для опознания этих последовательностей использовали довольно трудоемкие подходы, включающие выделение и анализ самих белков. Теперь мы можем в одном эксперименте профилировать тысячи бактериальных генов».
С помощью новой техники исследователи решили закартировать скрытые внутри генов альтернативные последовательности старта белкового синтеза. в результате были обнаружены более 100 генов (из 4000, характерных для E. coli), которые обладают несколькими стартовыми сайтами.
«Белки, синтезируемые с этих потайных сайтов, могут составлять ранее скрытую часть протеома бактерий. Их необычное происхождение может играть своеобразную роль в жизни клетки, — говорит Манкин. — Новое открытие позволит нам лучше понять, что делает бактерии патогенными».
Понравился материал? Добавьте Indicator.Ru в «Мои источники» Яндекс.Новостей и читайте нас чаще.