Компьютерная модель помогла понять, как организм реагирует на жару

Ученые из Института биоорганической химии им. академиков С.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН с помощью компьютерного моделирования изучили явление температурной активации рецептора TRPV1. Ранее это было невозможно из-за несовершенства моделей. Исследование опубликовано в журнале Scientific Reports.

«Мы взяли компьютерную модель рецептора в двух состояниях: в открытом и в закрытом, – объяснил сотрудник Лаборатории моделирования биомолекулярных систем ИБХ РАН, один из авторов статьи Антон Чугунов. – Чтобы увидеть его работу, мы провели впечатляющие по длительности расчеты молекулярной динамики, а также воспользовались методом компьютерного «картирования» поры. Мы «разворачивали» пору, то есть проецировали свойства ее внутренней – каналобразующей – поверхности на плоскость и наглядно визуализировали их при разных температурах. С помощью специально разработанной программы мы следили за изменением радиуса поры, которое происходило постепенно во времени: шаг за шагом, как это происходит в живой клетке».

TRPV1 – один из членов семейства TRP-рецепторов (белков), который участвует в системе поддержания постоянной температуры тела. При повышении температуры этот ионный канал начинает пропускать ионы натрия, магния и кальция сквозь клеточную мембрану, подавая клетке сигнал о том, что окружающие условия изменились.

Учёные считают, что исследование в ближайшем будущем поможет создавать новые анальгетические лекарства, которые будут лишены большинства побочных эффектов, свойственных современным препаратам группы нестероидных противовоспалительных средств.