Некоторые методы прочтения ДНК пропускают целые «страницы»

Перепроверка генетических тестов из трех крупнейших лабораторий в США показала, что полноэкзомное секвенирование (прочтение только кодирующих белок генов) может упускать большие фрагменты ДНК. Из-за этого врачи-клиницисты могут оставить до половины пациентов без правильного диагноза, будь то рак или эпилепсия, рассказали исследователи на страницах Clinical Chemistry.

Сегодня медицина обращается к генетическим тестам все чаще: к примеру, они помогают исключить диагноз у детей, узнать о риске развития заболеваний или о том, как изменить образ жизни, чтобы меньше страдать от их симптомов. Ученые из Юго-западного медицинского центра Техасского университета перепроверили генетические тесты у 36 пациентов из национальных американских лабораторий за 2012-2016 годы и установили, что они анализировали лишь 36%, 66% и 69% генов.

Чаще всего такие пробелы появляются не из-за обмана клиентов, а из-за несовершенства методов секвенирования. Сегодня мы не можем распутать плотно упакованную молекулу ДНК и за один раз прочитать ее целиком. Чтобы избежать ошибок и не перепутать последовательность фрагментов при сборке, одну и ту же последовательность нужно считать хотя бы несколько десятков раз (минимум для коммерческих компаний — 20) и наложить их друг на друга. Генетики называют это «покрытием», и если оно недостаточно, то участок последовательности считан недостаточно четко. Только вот врачи-терапевты обычно понятия не имеют об этих ограничениях, а компании могут этим пользоваться.

«Многие пациенты — маленькие дети с неврологическими нарушениями, и им нужен самый полный диагностический тест, — поясняет Джейсон Парк, Ph.D. и доцент патологии Юго-западного медицинского центра Техасского университета. — Вся система разваливается на части, когда начинаешь думать об этих тестах, чтобы исключить диагноз. Негативный результат экзомного секвенирования не имеет никакого значения, когда так много генов остаются без тщательного анализа».

Так, в случае с эпилепсией одна из лабораторий в некоторых тестах пропускала до 80% генов, ассоциированных с заболеванием, вторая анализировала 40%, и лишь одна анализировала хотя бы три четверти должным образом. Всего 1,5% всех белок-кодирующих генов были проанализированы во всех 36 образцах. В остальных же пропускались большие фрагменты, причем во всех случаях разные. В одной из лабораторий 27% генов во всех тестах были с хорошим покрытием, в другой — 28%, а в третьей всего 5%.

«Когда мы увидели эти данные, мы сделали обязательным вопрос лабораториям о покрытии конкретных генов, — комментирует соавтор работы Гаррет Готвэй, Ph.D. и клинический генетик в Техасском университете. — Я не думаю, что стоит надеяться на полное покрытие всех 18 000 генов каждый раз, но справедливо ожидать хотя бы 90%». По ее словам, для уточнения диагноза лучше опираться не на полногеномное или полноэкзомное, а на более узконаправленное секвенирование, проверяющее лишь те гены, мутации в которых с высокой вероятностью будут важны в конкретном случае. Иначе остается риск упустить самое главное, стараясь охватить все и сразу.

Понравился материал? Добавьте Indicator.Ru в «Мои источники» Яндекс.Новостей и читайте нас чаще.