Создана карта опасных с точки зрения рака генов

Американские ученые выявили более 760 генов, с которыми связан рост или шансы на выживание раковых клеток. Найденные зависимости они нанесли на карту-график, с которой можно ознакомиться на официальном сайте исследования, опубликованном в журнале Cell.

Раковые клетки могут содержать в себе множество генетических ошибок. Если ошибка отключает важный ген, то раковая клетка активирует другой ген, чтобы выжить.

Исследователи из Массачусетского технологического института, Гарвардского университета и Института раковых заболеваний Дана-Фабер провели эксперимент с более чем 500 клеточными линиями — группами специально культивируемых клеток, которые представляли более 20 типов рака. Чтобы отследить, от чего генетически зависит развитие каждой раковой клетки, биологи подавили для них процесс превращения ДНК в РНК (интерференцию РНК) и заставили «замолчать» около 17 тысяч генов.

РНК-интерференция подавляет гены с использованием небольших фрагментов РНК порядка 21-25 нуклеотидов, известных как siRNA. Ученые воздействовали на объединения нуклеотидов и отслеживали поведение клеток. Клетки росли, и, если какая-то из них погибала, значит, подавленный в ней ген необходим для пролиферации, то есть дальнейшего роста.

Оказалось, что многие из взаимосвязей генов относятся к определенным типам рака, но около 10% характерны для нескольких видов онкологии, что указывает на ограниченное количество способов лечения. Разнообразие видов рака основывается на относительно небольшом наборе нуклеотидов и генов.

Используя набор молекулярных признаков (например, мутации и количество копий генов), выделенных из каждого генома, ученые создали модель, которая объясняет биологию 426 из 769 зависимостей. 20% обнаруженных зависимостей были связаны с генами, ранее идентифицированными как потенциальные мишени для лекарств, а 80% взаимосвязей с биомаркерами объяснялись изменениями в экспрессии генов.

Опубликованная карта — это только начало большой работы ученых. «[Сделанная нами] первоначальная классификация — это отправная точка для полной карты [раковых клеток]», — отметил один из авторов исследования Уильям Хан.