Биологи выявили геномную сигнатуру COVID-19

Используя машинное обучение, команда исследователей из Университета Западного Онтарио и Университета Уотерлу обнаружила геномную сигнатуру коронавирусной инфекции на основе 29 различных последовательностей ДНК SARS-CoV-2. О своей работе исследователи рассказали на страницах журнала PLOS ONE.

Машинное обучение уже давно используется для решения различных прикладных задач. Оно очень помогает в тех областях, где требуется быстрая обработка большого массива данных, в частности при анализе генетических последовательностей. Авторы новой работы решили использовать потенциал этого метода для исследования генома нового коронавируса SARS-CoV-2, вызывающего инфекцию COVID-19.

По словам исследователей, эта сверхбыстрая, масштабируемая и высокоточная система использует новое специализированное программное обеспечение и подход к анализу данных, который позволяет прийти к наилучшему результату. Созданный учеными алгоритм, использующий машинное обучение, имеет почти стопроцентную точность при классификации последовательностей COVID-19 и, что более важно, способен обнаруживать наиболее важные связи между более чем пятью тысячами вирусных геномов в течение нескольких минут.

После обучения программа стала способна классифицировать большую часть вирусов только по фрагментам их геномов. Она анализировала сигнатуры в последовательностях, благодаря чему относила патоген к тому или иному семейству и роду. Например, используя 29 различных последовательностей SARS-CoV-2, ученые выяснили, что вирус относится к роду Betacoronavirus и подроду Sarbecovirus, представители которых встречаются у летучих мышей.

Авторы работы считают, что их инструмент, способный классифицировать любую вновь обнаруженную последовательность SARS-CoV-2, будет важной частью в наборе инструментов для разработчиков вакцин и лекарственных средств. Благодаря своей быстроте такой метод анализа найдет применение для классификации новых патогенов и быстрого поиска лекарственных средств от них.

Понравился материал? Добавьте Indicator.Ru в «Мои источники» Яндекс.Новостей и читайте нас чаще.