Биология

Спайковый белок SARS-CoV-2 воссоздали в атомарном разрешении

Campbell Medical Illustration

Группа исследователей из Великобритании, США и Южной Кореи впервые создала модель белка пепломера нового коронавируса в атомарном разрешении. Статья ученых опубликована в Journal of Physical Chemistry B.

Белки пепломера (шипика) коронавируса играют значительную роль в проникновении вируса в клетки и являются основной мишенью для разработки вакцин и противовирусных препаратов. «Мы смогли впервые получить полные модели гликопротеинов пепломера SARS-CoV-2 в атомарном разрешении. Впоследствии они будут выложены в открытый доступ, — сообщил один из исследователей, профессор кафедры биологических наук и биоинженерии Лихайского университета Вонпил Им. — Мы потратили очень много времени для того, чтобы построить эту модель с помощью множества снимков, сделанных методом криоэлектронной микроскопии. Моделирование было очень сложной задачей, потому что существовало много участков этой молекулы, где обычные методы не могли создать высококачественные модели».

Исследователи создали программу, которая просто, точно и быстро имитирует сложные биомолекулярные системы. Этот алгоритм позволяет ученым понять взаимодействия на молекулярном уровне, которые можно наблюдать только методом криоэлектронной микроскопии. Метод заключается в съемке образцов с помощью электронной микроскопии в жидком азоте. Помещение образца в жидкий азот позволяет наблюдать за образцами, которые не были окрашены или каким-либо образом зафиксированы, показывая их в естественной конформации.

Новая модель, однако, имела много недостающих фрагментов. Исследователи сначала смоделировали недостающие аминокислотные остатки, а затем и другие отсутствующие домены. Кроме того, они моделировали все потенциальные гликаны (полисахариды), связанные с белком пепломера. Эти гликаны препятствуют распознаванию антител, что затрудняет разработку вакцины. Ученые также построили вирусную мембранную систему спайкового белка для моделирования молекулярной динамики.

Понравился материал? Добавьте Indicator.Ru в «Мои источники» Яндекс.Новостей и читайте нас чаще.