Ученые раскрыли тайны обмана вирусных белков

Белки семейства ArdA помогают вирусам проникнуть в бактериальную клетку, приняв образ ее ДНК. Проведя фундаментальные исследования, ученые Центра исследований молекулярных механизмов старения и возрастных заболеваний МФТИ и НИЦ «Курчатовский институт» показали, что такие белки не только подавляют защиту клеток, но и регулируют целый ряд других клеточных процессов. Результаты исследования заложили основу для будущих прикладных работ в области генной терапии. Статья опубликована в журнале Heliyon.

Плазмиды (обособленные от хромосом молекулы ДНК), бактериофаги (вирусы, поражающие бактериальные клетки), а также транспозоны (мобильные генетические элементы) способны переносить различные гены, в том числе гены устойчивости к антибиотикам, между бактериальными клетками. Однако многие из превносимых генов представляют угрозу для самих бактерий, и в ответ бактерии сформировали защитные системы разрезания чужеродных цепочек ДНК. Изучение процесса преодоления защитных барьеров бактерий необходимо для разработки новых лекарств, которые естественным образом смогут ограничивать размножение бактерий в организме. Кроме того, белки, имитирующие ДНК, интересно изучать с точки зрения генной терапии для таргетной регуляции интересующих генов.

«Белки антиресриктазы интересны с точки зрения возможности контроля передачи и распространения генов. Антирестрикционные белки вырабатываются в бактериальных вирусах (бактериофагах) или в других мобильных генетических элементах. Именно они облегчают путешествие белков от одной бактерии к другой. У каждой бактерии есть разнообразные системы защиты от инвазии чужеродной ДНК, например системы рестрикции-модификации, которые должны бороться с бактериофаговой инвазией. В свою очередь, у бактериофагов есть системы антирестрикции, призванные бороться с системой рестрикции-модификации. Одному из белков антирестрикции ArdA посвящена наша работа. Мы показали, что, кроме возможности контроля передачи и распространения генов между бактериями, эти белки перспективны еще и как геннотерапевтические агенты», — рассказала об исследовании Анна Кудрявцева, старший научный сотрудник лаборатории молекулярной генетики МФТИ.

Белок ArdA изображает из себя молекулу ДНК с отрицательными поверхностными зарядами, имитирующими фосфатные группы. Защитная система рестрикции-модификации связывается с белком ArdA вместо ДНК, в то время как настоящая инвазивная ДНК бактериофага (или другого мобильного генетического элемента) остается нетронутой .

«Есть целый класс антирестрикционных белков, которые изображают из себя ДНК бактерий, обманывают защитную систему и помогают вирусу выполнить свою основную функцию — поместить в бактерию свою злую ДНК или РНК и размножиться. Чем для нас интересны белки ArdA? Наша группа впервые нашла этот белок в бактериальной хромосоме, и мы задали себе вопрос, как он там оказался. Поместив этот белок в модельный объект кишечной палочки, мы изучили, как внедрение ArdA влияет на регуляцию других генов в бактериях. Мы увидели, какие в этом процессе гены запускаются, начинают включаться или выключаться.

Кроме того, мы сравнили два белка ArdA, запустив в кишечную палочку один новый, а другой хорошо известный, и оказалось, что ответ бактерии для каждого гостя выглядит очень по-разному, что натолкнуло нас на мысль, что белки изображают совершенно разные участки ДНК и тем самым могут регулировать вполне конкретные процессы в клетке», — продолжила Анна Кудрявцева.

Этой работой ученые расширили знание об Ard-белках и наглядно показали, что гены, способные подавлять защиту бактерий, существуют не только в плазмидах, но и в самих бактериальных хромосомах и, более того, участвуют в регуляции других бактериальных генов.

«Мы полагаем, что ген ArdA мог произойти от мобильных генетических элементов, но это происхождение представляется весьма древним. Это подтверждается наличием того же гена у других видов в той же геномной области. Тот факт, что этот ген сохраняется в бактериальных хромосомах в течение длительного периода, предполагает его полезность для бактерий. Следовательно, он, вероятно, выполняет другую функцию в бактериальных хромосомах по сравнению с его ролью в мобильных генетических элементах. Такие долговечность и сохранение в бактериальных геномах указывают на его значение в бактериальной биологии», — заключил Илья Манухов, заведующий лабораторией молекулярной генетики МФТИ.

Открытие ученых создает новую перспективу для генной терапии, так как ДНК-мимикрирующие белки вполне могут способствовать регулированию экспрессии генов в любых клетках.

Кроме ученых Центра исследований молекулярных механизмов старения и возрастных заболеваний МФТИ и НИЦ «Курчатовский институт» в работе принимали участие их коллеги из Европейского университета в Санкт-Петербурге, НИУ ВШЭ, Университета БИОТЕХ, Российского национального исследовательского медицинского университета им. Пирогова, Научного центра биотехнологии РАН.

Исследования выполнены при финансовой поддержке РНФ (грант номер 22-74-00027).