Создана 3D-модель человеческого генома

Ученые из Международной школы передовых исследований (Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati, SISSA) создали 3D-модель человеческого генома с помощью метода Hi-C. С текстом работы можно ознакомиться в журнале Scientific Reports.

На изображении эксперты представили структурную модель генома. По словам разработчиков, структура цепочки ДНК может быть крайне сложной, с учетом хромосом, которые могут достаточно хаотично располагаться в ядре клетки. Форму хромосом выявить очень важно, поскольку от нее зависят и функции этих структур. При этом исследователи указывают, что запутанность ДНК в ядре кажется хаотичной только на первый взгляд. На самом же деле у ДНК особая «география» для каждой ткани и для каждого жизненного этапа клетки.

При создании модели учитывались экспериментальные данные «близких пар», то есть данные о положении двух точек относительно друг друга. Если у вас в наличии немного таких данных, карта будет очень приблизительной, однако если в вашем распоряжении сотни и тысячи подобных сведений, то в результате может получиться надежная карта. «Этой логике мы и следовали», — отмечает координатор работы, профессор SISSA Кристиан Мишелетти. Если говорить о ядерной ДНК, сведения о ней были получены с помощью метода Hi-C. Это химико-физический метод, при котором участки генома, расположенные в ядре рядом, скрепляют друг с другом и «опознают» при помощи секвенирования.

С помощью этого метода исследователи выяснили, какие хромосомы расположены в ядре близко друг к другу. «Несмотря на то, что на сегодняшний день это самая лучшая техника исследования организационной структуры ДНК в ядре, она не настолько точна, чтобы делать окончательные выводы о форме и расположении хромосом в ядре», — подытожили ученые.