Молекула (от лат. moles — «масса») — электрически нейтральное соединение атомов, наименьшая частица вещества, сохраняющая его свойства. Для веществ, существующих в форме свободных атомов (например, инертных газов), атом и молекула — это одно и то же.
Целостность молекулы поддерживается различными типами химических связей: ковалентными (за счет спаренных электронов), ионными (объединяют ионы с различными зарядами) и др. Определенные типы взаимодействия существуют между молекулами.
Молекулы, имеющие неспаренные электроны, называются свободными радикалами, кроме того, молекула может иметь дипольный момент — в случае, когда она электрически асимметрична.
Состав молекулы описывается химической формулой. Молекулы с одинаковым количеством атомов одних и тех же элементов могут иметь различное строение и свойства (явление изомерии).